Poniższy tekst ukazał się w magazynie ALAB INFORMATOR, nr 2(3)/2020 r.
Spis treści
- Pełne sekwencjonowanie genów metodą NGS i jego zalety
- Dlaczego warto rozważyć wykonanie badań sekwencjonowaniem nowej generacji (NGS)?
- Kto powinien rozważyć wykonanie badania NGS?
Większość przypadków raka piersi to zachorowania tak zwane przypadkowe, niezwiązane z obciążeniem dziedzicznym. Istnieje jednak niemała grupa pacjentek, jak również pacjentów (mężczyźni także chorują na raka piersi), których zachorowanie powiązane jest z nosicielstwem mutacji uszkadzającej jeden z genów chroniący przed rakiem piersi i jajnika. W ostatnich 30 latach znacznie poszerzyła się wiedza na temat przyczyn takiego stanu rzeczy. Dotychczas odkryto już kilkanaście genów, których uszkodzenia powiązane są ze zwiększonym ryzykiem zachorowania na raka piersi, jajnika i prostaty. Wśród tych kilkunastu najdokładniej przebadane i pełniące najważniejszą rolę są geny BRCA1 i BRCA2. Występujące w nich uszkodzenia powodują największy wzrost ryzyka zachorowania na raka piersi i jajnika. W przypadku raka piersi, zamiast co dziesiątej kobiety, choruje nawet do ponad dwóch trzecich nosicielek. W przypadku raka jajnika, zamiast co setnej, może zachorować nawet co druga.
Ryzyko zachorowania na raka piersi w przypadku nosicielstwa wynosi odp. 65% i 45% dla nosicielek mutacji w genie BRCA1 i BRCA2; oraz na raka jajnika odp. 39% i 11%.
U mężczyzn, którzy są nosicielami, występuje wzrost ryzyka zachorowania na raka prostaty do ponad 20%. U tych mężczyzn zdarzają się także z kilku procentową częstością zachorowania na raka gruczołu piersiowego.
Pełne sekwencjonowanie genów metodą NGS i jego zalety
Wprowadzenie technologii sekwencjonowania nowej generacji (next generation sequencing, NGS) stanowi olbrzymi postęp i przełom w możliwościach diagnostyki chorób uwarunkowanych genetycznie, w tym diagnostyki nowotworów. Należy podkreślić, że diagnostyka genetyczna genów powiązanych z ryzykiem nowotworów jest skomplikowana ze względu na ilość liter kodu genetycznego, które trzeba odczytać i przeanalizować. Gen BRCA1 składa się z około 7 000 nukleotydów, czyli literek kodu genetycznego. Gen BRCA2 posiada ich około 10 000. Wśród tych 17 000 nukleotydów wykryto już około 7 000 miejsc, w których może wystąpić uszkodzenie genetyczne, czyli mutacja.
Do niedawna, ze względu na ograniczenia technologiczne możliwe było badanie tylko wybranych pojedynczych mutacji. W wyniku badań naukowych wykryto również takie mutacje, które w polskiej populacji występują najczęściej i to one zostały włączone do pakietów badań. W większości badań wykonywanych techniką tradycyjną oferowanych na rynku jest to od kilku do kilkunastu pojedynczych mutacji. Pozostałe prawie 7000 mutacji w ogóle nie jest w tego typu testach analizowanych.
Dlatego już dziś mamy dużą grupa pacjentek, które wykonały testy starego typu i otrzymały wynik negatywny (brak nosicielstwa) mimo, że w jednej z przebadanych pozycji mogą posiadać mutację chorobotwórczą. Pozostają przez to nieświadome zagrożenia wyższego ryzyka zachorowania.
Dlaczego warto rozważyć wykonanie badań sekwencjonowaniem nowej generacji (NGS)?
W populacji polskiej za najczęstszą przyczynę występowania genetycznie uwarunkowanej predyspozycji do tych nowotworów uznaje się nosicielstwo jednej z pięciu mutacji genu BRCA1: 5382insC, 4153delA, C61G, 185delAG, 3819delGTAAA. Pozostaje jednak duża grupa pacjentów posiadających rzadkie zmiany w genie BRCA1 lub BRCA2. Zmiany te są trudne do wykrycia tradycyjną metodą sekwencjonowania Sangera, ponieważ – ze względu na wielkość obydwu genów – jest to czasochłonne i bardzo drogie. To jest miejsce dla badania technologią sekwencjonowania nowej generacji (NGS), umożliwiającą przebadanie od początku do końca wszystkich literek w każdym genie. Oznacza to, że w genach BRCA1 i BRCA2 analizowana jest każda ze znanych około 7 000 mutacji. Jest to olbrzymie zwiększenie czułości (wykrywalności) mutacji w stosunku do testów starego typu. Badanie metodą NGS pozwala na kompletną diagnostykę genetyczną genów BRCA1 i BRCA2.
Technologia sekwencjonowania nowej generacji (NGS) pozwala również na diagnostykę pozostałych członków rodziny.
Kto powinien rozważyć wykonanie badania NGS?
Wiedza o dokładnej pozycji mutacji wykrytej testem sekwencjonowania nowej generacji (NGS) u danej pacjentki pozwala w prosty sposób, testem celowanym, wykonać diagnostykę u wszystkich krewnych, którzy również mogliby dziedziczyć taką mutację. Jednocześnie pozwala potwierdzić lub wykluczyć nosicielstwo mutacji chorobotwórczej.
Dla osoby zdrowej wiedza o posiadaniu mutacji chorobotwórczej pozwala zaplanować już od młodego wieku odpowiednią profilaktykę (badania obrazowe piersi jajników – w tym USG, mammografię i wprowadzany ostatnio rezonans magnetyczny piersi) lub zdecydować się na profilaktyczną operację piersi i/ lub jajników, co pozwala zredukować ryzyko zachorowania o blisko 100%.
Kompletna genetyczna diagnostyka jest ważnym narzędziem profilaktyki zachorowania na nowotwory piersi i jajnika. Osoba, u której jednoznacznie wykluczono mutację (jest to jednoznacznie możliwe tylko w przypadku wcześniejszego wykrycia mutacji w rodzinie) powraca do grupy ryzyka populacyjnego i może stosować badania profilaktyczne zalecane dla wszystkich.
Przeczytaj też:
Mutacje w genach BRCA1 i BRCA2 – występowanie, ryzyko i badania genetyczne
