W przypadku stanów zapalnych górnych i dolnych dróg oddechowych proces zapalny może toczyć się w obrębie gardła, zatok przynosowych, krtani, oskrzeli oraz płuc. Najczęściej zakażenia mają etiologię wirusową. Jednakże wiele zakażeń bakteryjnych może wystąpić po infekcji wirusowej. Pobranie odpowiedniego materiału o odpowiednim okresie choroby jest kluczowe dla postawienia rozpoznania i rozróżnienia pomiędzy etiologią wirusową a bakteryjną. Dlatego w większości przypadków powinno się wymagać od pacjenta zlecenia lekarskiego na badania. 

Zakażenie gardła i migdałków:

- Posiew wymazu w kierunku paciorkowców, ewentualnie posiew wymazu z gardła ogólny

- Streptococcus pyogenes - posiew ukierunkowany

- Posiew wymazu z gardła ogólny

Zapalenie zatok:

- aspirat pobrany drogą punkcji

Zapalenie oskrzeli:

- posiew plwociny

- u dzieci wskazane jest badanie na obecności wirusa RS

- u dorosłych badanie na obecność wirusa grypy 

Zapalenie płuc:

- diagnostyka powinna się odbywać tylko na zlecenie lekarza.

Diagnostyka zakażeń bakteriami atypowymi:
(Chlamydophila pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae)

- informacji udzielają Punkty Pobrań oraz Pracownia Mikrobiologii.